El Museo Arqueológico de la Comunidad de Madrid ubicado en Alcalá de Henares se inauguró el 25 de mayo del año 1999.
Ya en 1985, año en que se traspasan la competencias estatales en arqueología a las Comunidades Autónomas, las administraciones afectadas acuerdan convertir el antiguo convento de la Madre de Dios en el nuevo Museo Arqueológico Regional de la Comunidad de Madrid.
En 1987 se inician las obras, aunque no es hasta diez años más tarde, en 1997, cuando se emite el Decreto de creación del museo que oficializa la existencia de la institución.
Otros hitos destacados de la historia del museo son la inauguración de la Exposición Permanente, -el 6 de junio de 2003-, o la apertura del "Patio de cristales", el 7 de mayo de 2007, claustro convertido en el gran auditorio y sala multifuncional del museo que ha permitido completar sus servicios e instalaciones.
El Museo ocupa desde 1999 el edificio que fue en su origen el Convento Dominico de la Madre de Dios, fundado por Doña María de Mendoza, hija de los Condes de Melito, y construido en varias fases entre los siglos XVII y XVIII.
Se trata de uno de los conjuntos conventuales más amplios de Alcalá de Henares, comprende la iglesia y el convento propiamente dicho, edificio que habitaron los frailes. Estas dos construcciones anejas se construyeron frente al palacio arzobispal, junto a la nueva puerta que se abrió en la muralla de la villa (el actual arco de San Bernardo), lo cual las sitúa en pleno casco histórico de la ciudad, declarado Patrimonio de la Humanidad en 1998.
La iglesia alterna en sus muros ladrillo y piedra dispuestos, creando un efecto decorativo rítmico, tal y como fue habitual en los paramentos exteriores en Alcalá. La cúpula que la corona se remataba originalmente con una linterna y un chapitel, que con su desarrollo vertical equilibraban la horizontalidad del resto del edificio. Estos remates se pierden cuando en 1882 el Ayuntamiento compra el edificio para convertirlo en cárcel y juzgado y decide eliminarlos por existir peligro de hundimiento.
La fachada principal de la iglesia, que destaca por su simplicidad, sufrió también importantes transformaciones al adaptarse a su nueva función: se abrieron nuevos balcones y ventanas y se trasladó la portada principal, que daba a la Plaza de las Bernardas, a la Calle Santiago, donde se situó la nueva puerta principal de entrada a los juzgados.
En cuanto a la portada por la que se accede al convento, probablemente se reutilizó del edificio que precedió al actual, sustituido debido a su carácter endeble y su tamaño insuficiente. Destaca por su coronamiento semicircular, que alberga en relieve la cruz de Santo Domingo, caracterizada por sus extremos en forma de flor de lis que aluden a la orden religiosa que ocupó este edificio.
El edificio del convento se realizó en materiales similares a los de la iglesia y se organizó, como es habitual, en torno a un patio de planta rectangular. En este edificio se ubicaban las habitaciones donde los frailes desarrollaban su vida cotidiana, comunicadas con el patio a través de un claustro de esbeltos arcos de medio punto.
Al iniciarse su rehabilitación para albergar el Museo, se encontraba en avanzado estado de ruina en algunas zonas y muy deteriorado en términos generales. La instalación aquí de esta institución, supone, entre otros logros, la recuperación de un edificio con una larga historia.
El Colegio Convento de la Madre de Dios fue fundado por María de Mendoza, hija de los condes de Mélito, en 1565, como parte de la ciudad universitaria de Alcalá, aunque la construcción actual data de los siglos XVII y XVIII, ya que el edificio original se quedó pequeño y además era estructuralmente deficiente, si bien es probable que la portada del convento del inmueble definitivo, por la que actualmente se accede al Museo, esté reutilizada del anterior.
El 2 de diciembre de 1808, durante la invasión francesa, fueron desalojados los frailes y convertido el inmueble en cuartel de caballería de las tropas napoleónicas, que aparentemente fueron las responsables de la destrucción del altar mayor de la iglesia y del saqueo de los objetos de valor. Los frailes regresaron en 1815, pero en 1835 el convento fue desamortizado, pasando a manos del Ayuntamiento de Alcalá de Henares. La zona conventual fue utilizada como cárcel hasta 1951, mientras que la iglesia acogió el colegio de abogados, juzgados y la Audiencia, sufriendo el conjunto del edificio profundas modificaciones, como el traslado de la portada de la iglesia, que daba a la plaza de las Bernardas, a la calle de Santiago.
En 1985, año en que se traspasaron las competencias estatales en materia de arqueología a las comunidades autónomas, el Gobierno de la Comunidad de Madrid y el Ayuntamiento de Alcalá acordaron que el edificio se convirtiera en la sede del Museo Arqueológico Regional de la Comunidad de Madrid. Las obras comenzaron en 1987 ya que el edificio se encontraba muy degradado, presentando un avanzado estado de ruina en algunas zonas, por lo que hubo que someterlo a una importante rehabilitación.
